Lộ trình thăm quan bảo tàng sẽ đi qua những tác phẩm về các sự kiện trung tâm trong cuộc đời của Chúa Giêsu, từ mộ đá của các Kitô hữu đầu tiên được trang trí bằng hình ảnh Cái chết và Sự Phục sinh của Chúa, cho đến những kiệt tác được lưu giữ trong Phòng trưng bày Nghệ thuật Vatican: trước hết là bức tranh tuyệt tác Táng xác Chúa Giêsu trong Mộ của nghệ sĩ Caravaggio. Sau đó sẽ đến các Phòng trưng bày tầng thượng, và chặng cuối cùng của lộ trình đặc biệt này, cả về mặt lịch sử, nghệ thuật và tâm linh, sẽ là Nhà nguyện Sistine với chiến thắng của niềm hy vọng Kitô giáo tỏa sáng trong bức hoạ Sự phán xét cuối cùng của Michelangelo.
Lộ trình tham quan dành cho tất cả mọi người, bao gồm cả những gia đình có trẻ em đi cùng (khuyến nghị từ 6 tuổi trở lên). Các lộ trình tham quan có hướng dẫn, bằng tiếng Ý hoặc tiếng Anh, hoàn toàn có thể phù hợp với những người khuyết tật về giác quan, vận động và trí tuệ.
